სამსახურის ძირითადი მიზნები და ამოცანები:
- უნივერსიტეტის სისტემის ფუნქციონირების და მართვის პროცედურების ეფექტურობისა და ეფექტიანობის ამაღლების ხელშეწყობა ;
- ფინანსური სახსრების, მატერიალური ფასეულობების, სხვა ქონებრივი ღირებულების და არამატერიალური სიკეთეების ხარჯვის, გამოყენების, მართვის და დაცვის კანონიერების, მიზნობრიობის, მიზანშეწონილობის, ეკონომიურობის და შედეგობრიობის, მოქმედი კანონმდებლობისა და უნივერსიტეტის მიერ გამოცემული ინდივიდუალურ-სამართლებრივი აქტების მოთხოვნათა დაცვის, ბუღალტრული აღრიცხვის და ფინანსური ანგარიშგების შემოწმება -შესწავლის და ანალიზის მეშვეობით , არსებული რისკ-ფაქტორების გამოვლენა, შეფასება და მათი მართვის მიზნით შესაბამისი სტრატეგიის და რეკომენდაციების შემუშავება, რომელთა შესრულება ხელს შეუწყობს უნივერსიტეტს დასახული მიზნების შესრულებაში ;
- სამსახურებრივი გადაცდომის ჩადენის ფაქტებთან დაკავშირებით, კანონშესაბამისი რეაგირება და ასეთი გადაცდომების პრევენცია.